Примерно раз в полгода я запускаю в консоли pear и лезу в хелп или гуглю нужные команды (хорошо если натыкаюсь на http://pear.php.net/manual/en/guide.users.commandline.commands.php или на http://pear.php.net/manual/en/guide.users.commandline.channels.php)
Итак. На примере обновления PHPUnit до версии 3.6.0RC4.
1. Просмотр списка каналов
$ pear list-channels
2. Просмотр всех доступных пакетов с определенного канала
$ pear list-all -c pear.phpunit.de
3. Обновить все пакеты
$ sudo pear upgrade-all
4. Разрешаем установку бета версий
$ sudo pear config-set preferred_state beta
5. Обновиться до определенной версии пакета
$ sudo pear upgrade phpunit/PHPUnit-3.6.0RC4
6. Посмотреть список установленных пакетов
$ pear list -a
Пока все 🙂
PS. Разгребаю черновики записей в блоге