Такая проблема возникает время от времени. Поэтому записываю решение, чтобы не опять искать.

Если работа системы была завершена некорректно, то в системе остается файл блокировки mongodb “/var/lib/mongodb/mongod.lock”.

Логично, что для возобновления нормальной работы его нужно удалять и заново стартовать монгу.

sudo rm /var/lib/mongodb/mongod.lock; sudo service mongodb start